一般に、移転価格調査は通常の法人税調査のような個別取引の計上や課税処理の適否ではなく、親子会社間等で継続的に行われるクロスボーダー取引の価格そのものが是正の対象となり、課税ベースは対象となる取引のすべてに及ぶ（つまり課税額＝単価の是正額×年間取引数量、独立企業間営業利益率レンジからの乖離幅×年間取引規模）とともに、課税期間は最大で7年にも及ぶため、通常の法人税調査に比べて課税額が多額になる傾向がある。